Il existe de nombreuses façons de jouer avec les consoles de la famille Nintendo 3DS. Outre les commandes par boutons, on peut aussi toucher et faire glisser des éléments sur l'écran tactile grâce à un stylet en forme de crayon, ou en inclinant la console. Les objectifs intégrés permettent de capter dans les jeux des objets du monde réel, et parler ou souffler dans le microphone peut aussi déclencher des actions.

Les consoles New Nintendo 3DS et New Nintendo 3DS XL offrent des options de contrôle supplémentaires : avec les boutons ZL et ZR supplémentaires et un stick C. Ces commandes qui étaient à l'origine uniquement disponibles sur le pad circulaire Pro ou le pad circulaire Pro XL font désormais partie intégrante de ces consoles.