2636. Les Aliens qui perdirent le combat contre le Probotector ont récupéré toute leur puissance et commencé une invasion à grande échelle. Les humains restent impuissants face aux ressources sans limites, aux connaissances scientifiques et à la puissance des envahisseurs.

Six mois plus tard, deux robots de combat font leur apparition dans les ruines d'une ville dévastée par les Aliens. Le RD008 et le RC011 sont les robots les plus puissants de l'histoire des Probotectors.

Un combat sans merci est sur le point de débuter.

Super Probotector Alien Rebels est considéré comme l'un des meilleurs jeux d'action de la Super Nintendo.