Mario et Luigi doivent de nouveau sortir leur princesse préférée des griffes de Bowser et de ses sbires qui tentent de prendre leur revanche sur les deux plombiers.

Cet épisode introduit de nouveaux objets, de nouveaux ennemis et surtout l'adorable Yoshi accompagné de sa tribu. Dans cette aventure, Mario et Luigi doivent explorer une carte géante et trouver des passages secrets les conduisant vers des stages secrets. Ce jeu est si vaste qu'il fut le premier épisode de la série des Super Mario dans lequel le joueur peut sauvegarder sa progression.