Combattez et parlez à votre adversaire !
Vous utilisez vos unités de la campagne simple joueur lorsque vous affrontez des adversaires du monde entier, amis ou choisis de manière aléatoire, via la connexion Wi-Fi Nintendo. Sélectionnez cinq de vos meilleures unités et combattez l'adversaire sur des cartes multijoueurs. Les unités étant toutes différentes, les compétences, l'armement et l'expérience acquis par votre personnage lors des campagnes simple joueur sont utilisés lors des combats en ligne. Il en va bien sûr de même pour les unités de votre adversaire. (Les personnages qui meurent en ligne sont toujours vivants pour les campagnes simple joueur.)
Pour intensifier les combats, vous pouvez railler votre adversaire ou négocier de vive voix les termes de sa capitulation. Si vous désirez simplement lui dire bonjour ou fixer la date de votre prochaine rencontre, Fire Emblem: Shadow Dragon propose une fonction Micro Chat qui permet à deux joueurs ayant échangé leurs codes amis de discuter au cours d'une bataille. Pour discuter avec votre ami, maintenez le bouton L enfoncé et parlez dans le micro intégré de votre console.
Sur le champ de bataille, les joueurs doivent déterminer les différents paramètres de jeu, comme temps ou le nombre de tours d'une partie, et si le Brouillard de guerre couvre le champ de bataille. Quels que soient les paramètres choisis, l'objectif ultime est de vaincre l'armée ennemie ou de prendre le château ennemi, selon le type de victoire de choisi.
Le vainqueur remporte le butin. Lorsque vous disputez un combat en ligne, vous remportez une Carte spéciale qui améliore les capacités des membres de votre groupe.