Dans Crash: Génération Mutant, c'est un Neo Cortex rajeuni qui s'empare, un à un, de tous les cerveaux du monde. Cortex et N. Brio imagine un nouvel appareil maléfique, un appareil à tout faire pouvant envoyer des SMS et contrôlant aussi bien les esprits des mutants que des bandicoots. Toujours aussi intelligent et aussi agile, Crash doit libérer ses amis et les titans et sauver la mise !

Cette fois-ci, non seulement Crash peut contrôler ses ennemis lorsqu'il leur saute dessus, mais il peut également stocker ses monstres préférés dans sa poche, les améliorer ou se servir de leurs pouvoirs en cas de besoin. Wumpa Island est un environnement sans limites où le joueur peut explorer et voyager entre les différents mondes qui s'y croisent. En outre, les options de jeu dépendent de la créature que vous utilisez.

Bien entendu, Crash n'est pas seul. Votre partenaire est la sœur de Crash, Coco, disponible pour la première fois en mode coopératif. Elle dispose d'un nouveau talent pour la "chasse au trésor".