La terre d'Hyrule est à nouveau menacée par une terrible force. Un jeune fermier répondant au nom de Link devra réveiller le héros, voire l'animal, qui sommeille en lui pour sauver sa terre !

Dans The Legend of Zelda: Twilight Princess sur Nintendo GameCube, la vie de Link prend un tournant aussi soudain que dramatique. Elevé pour devenir berger et surveiller le bétail, Link commence son aventure lorsque le maire lui demande d'assister au Conseil d'Hyrule. Lorsqu'il se met en route, il n'est pas conscient du sombre destin qui attend le royaume...

Lorsqu'il pénètre dans l' "empire de la pénombre" qui s'est abattu sur Hyrule, Link se transforme alors en loup et se fait capturer. Une mystérieuse Midna l'aide à s'échapper et grâce à ses pouvoirs magiques, ils se mettent en route pour libérer le pays de la pénombre.

Link doit explorer les vastes terres d'Hyrule et découvrir ce qui a fait basculer le pays dans les ténèbres. Lors de son exploration, il devra résoudre des énigmes, solliciter l'aide des habitants et se battre pour se sortir de terribles donjons. Dans l' "empire de la pénombre", il devra recourir à ses facultés de loup et compter sur les pouvoirs de Midna pour ramener la lumière au pays.

Durant sa quête, Link devra également se battre à cheval contre des hordes de créatures sinistres puis affronter des boss impressionnants. En plus de sa fidèle épée et de son traditionnel bouclier, Link devra utiliser son arc et ses flèches, combattre à cheval et se servir de monceaux d'autres armes, aussi bien nouvelles que plus anciennes.

Durant son voyage à travers ce sombre pays, Link aura l'occasion de rencontrer Zelda et de nombreux autres personnages, certains connus, d'autres inconnus au bataillon.